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Janus - Sistema de Pós-Graduação |
| Intituto de Matemática e Estatística / Instituto de Ciências Biomédicas |
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| Programa de Pós-Graduação Interunidades em Bioinformática |
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| Disciplina: IBI5040-1- Introdução à Bioinformática |
| Créditos Aula: |
8 |
| Área de Concentração: |
95131 |
| Ativação: |
16/04/2016 |
| Objetivos |
- As ciências biológicas sofreram uma importante revolução nas últimas décadas pelo uso de métodos matemático-computacionais, o que foi possível graças a introdução de novas tecnologias para medição de fenômenos moleculares. O objetivo deste curso é familiarizar o aluno: com aspectos de dinâmicas fundamentais dos seres vivos no nível de Biologia Molecular e com a evolução das espécies; com os fenômenos moleculares que são medidos; com as técnicas de medição; com os repositórios públicos de fenômenos biológicos medidos; e, finalmente,com técnicas de processamento de dados que permitem extrair informação biológica dos fenômenos medidos. Além de apresentar exemplos de problemas de bioinformática e de suas soluções.
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| Docentes Responsáveis |
- Junior Barrera
- Arthur Gruber
- André Fujita
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| Justificativa |
- Nas últimas duas décadas presenciamos uma revolução nos estudos seres vivos. O desenvolvimento de novas tecnologias de medida, dentre elas a de sequenciamento de genomas e transcriptomas, possibilitou a geração de uma gigantesca quantidade de dados. A disponibilidade desses dados quantitativos permitiu a aplicação de técnicas de matemática, computação e estatística para a análise e compreensão de fenômenos biológicos complexos. Essa linha de estudo de fenômenos biológicos ficou conhecida como Bioinformática. O objetivo deste curso é dar ao aluno os conceitos fundamentais desta área
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| Conteúdo |
- O funcionamento molecular dos seres vivos. O dogma básico da biologia molecular e o papel dos RNAs não codificantes. Evolução dos seres vivos: mutação do DNA e pressão evolutiva. Redes metabólicas e de sinalização celular. A investigação do funcionamento dos seres vivos através de medidas: transcriptomica, proteômica, metabolomica. As tecnologias para decodificação e medição de fenômenos. Os repositórios públicos. Medição como um processo estatístico de amostragem. Exemplos de problemas de bioinformática e algumas soluções. Inferência de redes gênicas; identificação de marcadores genéticos para condições clínicas; inferência de vias de sinalização. Algumas medidas consideradas: sequenciamento de RNA clássico e de última geração; microarrays; espectrometria de massa; western blot; gel eletroforese; PCR; preparação de bibliotecas de cDNA; sequenciamento de DNA.
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| Forma de Avaliação |
- Provas escritas e exercícios. O aluno será aprovado se obtiver nota maior ou igual a 5.
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| Bibliografia |
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1) Green, Michael R., and Joseph Sambrook. Molecular cloning: a laboratory manual. New York: Cold Spring HarborLaboratory Press, 2012.
2) Gross, Jürgen H. Mass spectrometry: a textbook. Springer, 2004.
3) Molecular Biology of the Cell. Alberts, et al.
4) BaxevanisandOuellette (Eds.)Bioinformatics. Wiley-Interscience, 2005 (3rdedition)
5)Mount. Bioinformatics. CSHL Press, 2004 (2ndedition)
6) CompeauandPevzner. BioinformaticsAlgorithms: anactivelearning approach. Active Learning Publishers, 2014 |
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